AT5G62560.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.991 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein with ARM repeat domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein with ARM repeat domain; FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, binding; INVOLVED IN: protein ubiquitination; LOCATED IN: ubiquitin ligase complex; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: U box domain (InterPro:IPR003613), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Armadillo (InterPro:IPR000225), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PLANT U-BOX 39 (TAIR:AT3G47820.1); Has 4205 Blast hits to 2838 proteins in 224 species: Archae - 0; Bacteria - 12; Metazoa - 617; Fungi - 508; Plants - 2679; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 389 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:25110073..25111752 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60467.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 559 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGGNKQRWFS FHQRSSSATT TTLPQHKHDE TPPEFLCPIT GFLMSDPVVV SSGQTFERLS VQVCRNLGYI PDLLDGTRPD LSTVIPNLAM KSTIFSWCDR 101: QKVDHPRPPD AAYVEGVVRA RMDKDPNPSP GQSPGPGDKD PEPEILPPVE ENSPSDYDAV MEAIRARSKN SMSPTTSLES VTIGQSSYHP VRAVSMFSSS 201: TTSSSSGVFA GADSPFRNAM SFSSTDHSSS PMSPEEEEIF NKLRGTDIFD HEQGLILLRK MTRSSEDLRV SLCTDRILSF LRSLLVSRYN LVQTNAAASV 301: VNLSLEKQNK VKIVRSGFVP LLIDVLKSGT TEAQEHVAGA LFSLALEDEN KMVIGVLGAV EPLLHALRSS ESERARQDAA LALYHLSLIP SNRTRLVRAG 401: AVPTLLSMVR SGDSTSRILL VLCNLAACPD GKGAMLDGNA VAILVGKLRE VGGGDSEAAR ENCVAVLLTL CQGNLRFRGL ASEAGAEEVL MEVEENGNER 501: VKEKASKILL AMRGGGGGES EFGENAEARE WNRMLEATGL SRTQFQGGQN GGFAYSSQF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)