AT5G60230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : splicing endonuclease 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative subunit of tRNA splicing endonuclease | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
splicing endonuclease 2 (SEN2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: tRNA-intron endonuclease (InterPro:IPR006676), tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like (InterPro:IPR006677), tRNA intron endonuclease, N-terminal (InterPro:IPR006678), Endonuclease TnsA, N-terminal/resolvase Hjc/tRNA endonuclease, C-terminal (InterPro:IPR011856); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: splicing endonuclease 1 (TAIR:AT3G45590.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:24250185..24250937 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28520.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 250 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPRWKWKGA EAKALAEPIS KSVSELQLSL AETESSGTLS SCNVLLAVEP EQAELLDRCC FGRLVLSAEK IKKWIQLSFE EAFFLHYNLK CIKISLQGRC 101: LENEVDTWLY MKSKRPNFPM FFKAYSHLRS KNWVLRSGLQ YGVDFVAYRH HPSLVHSEYS VLVQSGDSDR LRVWSDIHCA VRLSGSVAKT LLTLYVNGNF 201: KGEDVNLLVC LENFTVEEQT ISRWSPELSR EDQSTNSKQH VPNVSNLNTL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)