AT5G58784.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Undecaprenyl pyrophosphate synthetase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Undecaprenyl pyrophosphate synthetase family protein; FUNCTIONS IN: dehydrodolichyl diphosphate synthase activity; INVOLVED IN: dolichol biosynthetic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site (InterPro:IPR018520), Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like (InterPro:IPR001441); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Undecaprenyl pyrophosphate synthetase family protein (TAIR:AT5G58780.1); Has 9203 Blast hits to 9140 proteins in 2783 species: Archae - 287; Bacteria - 5302; Metazoa - 199; Fungi - 258; Plants - 222; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2935 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23739950..23741267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34895.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 302 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLSLFSVVFT FLALFLIPGL FISRRLNVPL SLTNILRFIK IIASKYDDEE ERNEKRGTMG EKQKRGRNIM PKHVAVILDG NRRWAEKRGL GTSEGHEAGA 101: RRLMENAKDC FAMGTNTISL FAFSTENWER PEDEVKCLMA LFEKYLASDM PYLRSDKIKI SVIGNRTKLP ESLLGLIEEV EEATKSYEGK NLIIAIDYSG 201: RYDILQACKS LANKVKDGLI QVEDINEKAM EKELLTKCSE FPNPDLLIRT SGEQRISNFF LWQSAYTELY FPTVLWPDFG EAEYLEALTW YQQRQRRFGR 301: RV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)