AT5G58730.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.570 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : pfkB-like carbohydrate kinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pfkB-like carbohydrate kinase family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Carbohydrate/purine kinase (InterPro:IPR011611), Carbohydrate/puine kinase, PfkB, conserved site (InterPro:IPR002173); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pfkB-like carbohydrate kinase family protein (TAIR:AT4G10260.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23723627..23725324 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38648.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 353 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTLNPPPSQQ TSHSPRRIPN RRVLIVGNYC HDVLIQNGSV VAETLGGAAS FISNVLDSSS VSCDLVSKVG HDFRYEVTHS PIVAPEKETT VFEAYFDLGI 101: DGIGHADRVL KRVSACDPIL PSDIPDSRFD FGMAVGVGGE ILPETLEKMV EICDVVAVDI QALIRVFDPV DGAVKLVDLK ESGFYHILHR IGFLKASSDE 201: ALFMDVEQMK HLCCVVVTNG EKGCRIYHKD DEMTVPPFLA KQVDPTGAGD SFLGGLIVGL VEGLTVPDAA LLGNLFGSIT VEHIGQPKFD LMMLQKVKDE 301: VQRRKKQCNI SSSHNNDHNE FHERLSPARF SCVDSQLQPK LLVNGHSCDD RSL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)