AT5G45820.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CBL-interacting protein kinase 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a CBL-interacting serine/threonine protein kinase comprised of an N-terminal kinase catalytic domain similar to SNF1/AMPK and a unique C-terminal regulatory domain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CBL-interacting protein kinase 20 (CIPK20); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), NAF/FISL domain (InterPro:IPR018451), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), NAF domain (InterPro:IPR004041), CBL-interacting protein kinase (InterPro:IPR020660), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Calcium/calmodulin-dependent protein kinase-like (InterPro:IPR020636); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SOS3-interacting protein 1 (TAIR:AT5G58380.1); Has 132772 Blast hits to 130743 proteins in 4620 species: Archae - 210; Bacteria - 15587; Metazoa - 48907; Fungi - 13398; Plants - 32037; Viruses - 531; Other Eukaryotes - 22102 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:18587081..18588400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50170.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 439 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDKNGIVLMR KYELGRLLGQ GTFAKVYHAR NIKTGESVAI KVIDKQKVAK VGLIDQIKRE ISVMRLVRHP HVVFLHEVMA SKTKIYFAME YVKGGELFDK 101: VSKGKLKENI ARKYFQQLIG AIDYCHSRGV YHRDLKPENL LLDENGDLKI SDFGLSALRE SKQQDGLLHT TCGTPAYVAP EVIGKKGYDG AKADVWSCGV 201: VLYVLLAGFL PFHEQNLVEM YRKITKGEFK CPNWFPPEVK KLLSRILDPN PNSRIKIEKI MENSWFQKGF KKIETPKSPE SHQIDSLISD VHAAFSVKPM 301: SYNAFDLISS LSQGFDLSGL FEKEERSESK FTTKKDAKEI VSKFEEIATS SERFNLTKSD VGVKMEDKRE GRKGHLAIDV EIFEVTNSFH MVEFKKSGGD 401: TMEYKQFCDR ELRPSLKDIV WKWQGNNNNS NNEKIEVIH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)