AT5G26680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 5'-3' exonuclease family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
5'-3' exonuclease family protein; FUNCTIONS IN: 5'-3' exonuclease activity, DNA binding, catalytic activity, nuclease activity; INVOLVED IN: DNA repair; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: XPG conserved site (InterPro:IPR019974), XPG N-terminal (InterPro:IPR006085), DNA repair protein (XPGC)/yeast Rad (InterPro:IPR006084), 5'-3' exonuclease, C-terminal subdomain (InterPro:IPR020045), 5'-3' exonuclease, N-terminal (InterPro:IPR002421), Helix-hairpin-helix motif, class 2 (InterPro:IPR008918), XPG/RAD2 endonuclease (InterPro:IPR006086); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 5'-3' exonuclease family protein (TAIR:AT1G29630.2); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:9311882..9315458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50245.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 453 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGIKGLTKLL ADNAPSCMKE QKFESYFGRK IAVDASMSIY QFLIVVGRTG TEMLTNEAGE VTSHLQGMFN RTIRLLEAGI KPVYVFDGKP PELKRQELAK 101: RYSKRADATA DLTGAIEAGN KEDIEKYSKR TVKVTKQHND DCKRLLRLMG VPVVEATSEA EAQCAALCKS GKVYGVASED MDSLTFGAPK FLRHLMDPSS 201: RKIPVMEFEV AKILEELQLT MDQFIDLCIL SGCDYCDSIR GIGGQTALKL IRQHGSIETI LENLNKERYQ IPEEWPYNEA RKLFKEPDVI TDEEQLDIKW 301: TSPDEEGIVQ FLVNENGFNI DRVTKAIEKI KTAKNKSSQG RLESFFKPVA NSSVPAKRKG NLICLVASEV IPNILDHRVP NACSGSINQP SAIKSPLCML 401: LDGTPPITLL ALGCSLYPGL PTFRFTWLEE IPESTTKGAA NKKTKGAGGR KKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)