AT5G23120.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : photosystem II stability/assembly factor, chloroplast (HCF136) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a stability and/or assembly factor of photosystem II | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HIGH CHLOROPHYLL FLUORESCENCE 136 (HCF136); INVOLVED IN: response to cadmium ion, plastid organization, protein complex assembly; LOCATED IN: in 8 components; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: BNR repeat (InterPro:IPR002860), Photosystem II stability/assembly factor, HCF136 (InterPro:IPR016705), Twin-arginine translocation pathway, signal sequence (InterPro:IPR006311); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:7778154..7780463 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44105.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 403 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLQLCDGY LLFKPSVSPR FLSQRISHRL IPKASSSPPP SPSPSSSSSS LSFSRRELLY QSAAVSLSLS SIVGPARADE QLSEWERVFL PIDPGVVLLD 101: IAFVPDEPSR GFLLGTRQTL LETKDGGSTW NPRSIPSAEE EDFNYRFNSI SFKGKEGWII GKPAILLYTA DAGENWDRIP LSSQLPGDMV FIKATEDKSA 201: EMVTDEGAIY VTSNRGYNWK AAIQETVSAT LNRTVSSGIS GASYYTGTFS AVNRSPDGRY VAVSSRGNFF LTWEPGQPYW QPHNRAVARR IQNMGWRADG 301: GLWLLVRGGG LYLSKGTGIT EEFEEVPVQS RGFGILDVGY RSEEEAWAAG GSGILLRTRN GGKSWNRDKA ADNIAANLYA VKFVDDKKGF VLGNDGVLLR 401: YVG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)