AT5G20350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ankyrin repeat family protein with DHHC zinc finger domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein containing ankyrin and DHHC-CRD domain. Acts to restrict the size of the swelling that forms at the beginning of root hair cell growth, possibly by a mechanism that requires RHD1. Mutant displays defects in both root hair and pollen tube growth. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TIP GROWTH DEFECTIVE 1 (TIP1); FUNCTIONS IN: acyl binding, S-acyltransferase activity; INVOLVED IN: response to salt stress, cell tip growth; EXPRESSED IN: 28 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, DHHC-type (InterPro:IPR001594), Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ankyrin repeat family protein with DHHC zinc finger domain (TAIR:AT2G14255.1); Has 74376 Blast hits to 32836 proteins in 1312 species: Archae - 100; Bacteria - 6632; Metazoa - 35576; Fungi - 7192; Plants - 4422; Viruses - 788; Other Eukaryotes - 19666 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:6876772..6881102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68237.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 620 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSEIEVVEE IQSNPKENGE SSSKGIEEES LKNDVYTAAA YGDLEKLHRL VECEGSSVSE PDALGYYALQ WSALNNRVAV AQYLIEHGGD VNATDHTGQT 101: ALHWSAVRGA IQVAELLLQE GARVDATDMY GYQATHVAAQ YGQTAFLCHV VSKWNADPDV PDNDGRSPLH WAAYKGFADS IRLLLFLDAY RGRQDKEGCT 201: PLHWAAIRGN LEACTVLVQA GKKEDLMITD KTGLTPAQLA AEKNHRQVSF FLGNARSLLE KRCDGSSPLG RLSKLGLAPV LWIMILLLLL VYTNSVVLAS 301: NLPKLTTGIG ALAWLGFILA TAGLFLFYRC SRKDPGYIRM NIHDPQTMKD DEPLLKIELN NPALLAGNWT QLCATCKIIR PLRAKHCSTC DRCVEQFDHH 401: CPWVSNCVGK KNKWEFFLFL LLEVLAMLIT GGVTLARVLS DPSAPSSFGA WMSHVASNHV GALSFLLVEF CLFFSVAVLT VIQASQISRN ITTNEMANAL 501: RYSYLRGPGG RFRNPYDLGC RRNCSDFLVK GYNEDIECHE EDATQRPEGI SMMQMQRNPN LQNGNGHVAI DVNPTHNSQS AHVHSANCSH SHNSKSKSDN 601: VPLGLGLGLS RNPTRPVVSP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)