AT5G17290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.967 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : autophagy protein Apg5 family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Autophagy protein ATG5. Forms a conjugate with ATG12 with an essential role in plant nutrient recycling. Mutants missing ATG5 display early senescence and are hypersensitive to nitrogen or carbon starvation, accompanied by a more rapid loss of organellar and cytoplasmic proteins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AUTOPHAGY 5 (APG5); FUNCTIONS IN: transporter activity; INVOLVED IN: autophagy, leaf senescence, response to starvation; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Autophagy-related protein 5 (InterPro:IPR007239); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:5687160..5689821 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38479.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 337 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKEAVKYVW EGAIPLQIHL HKSDVASHPA PPPALVLAPR IGYLPLLIPL IKPYFKDSLP PGEDSIWFDY KGFPLKWYIP TGVLFDLLCA EPERPWNLTI 101: HFRGYPCNIL IPCEGEDSVK WNFVNSLKEA QYIINGNCKN VMNMSQSDQE DLWTSVMNGD LDAYTRLSPK LKMGTVEDEF SRKTSLSSPQ SQQVVPETEV 201: AGQVKTARIP VRLYVRSLNK DFENLEDVPE IDTWDDISYL NRPVEFLKEE GKCFTLRDAI KSLLPEFMGD RAQTSGEERS IDDTEEADGS REMGEIKLVR 301: IQGIEMKLEI PFSWVVNNLM NPEFYLHISV LVKAPQR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)