AT5G08370.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : alpha-galactosidase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
alpha-galactosidase 2 (AGAL2); FUNCTIONS IN: alpha-galactosidase activity, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, catalytic activity; INVOLVED IN: positive regulation of flower development, leaf morphogenesis; LOCATED IN: plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Glycoside hydrolase, family 27 (InterPro:IPR002241), Glycoside hydrolase, clan GH-D (InterPro:IPR000111), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: alpha-galactosidase 1 (TAIR:AT5G08380.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2691116..2693441 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44039.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 396 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVLLSFSLRF IAFTLTITLT QIADGFQSRM LMNNGLALSP QMGWNSWNHF QCNINETLIK QTADAMVSSG LSAIGYKYIN IDDCWGELKR DSQGSLVAKA 101: STFPSGIKAL SDYVHSKGLK LGIYSDAGTL TCSQTMPGSL GHEEQDAKTF ASWGIDYLKY DNCENTGTSP RERYPKMSKA LLNSGRSIFF SLCEWGQEDP 201: ATWAGDIGNS WRTTGDIQDN WKSMTLIADQ NDRWASYARP GSWNDPDMLE VGNGGMTKEE YMSHFSIWAL AKAPLLIGCD LRSMDKVTFE LLSNKEVIAV 301: NQDKLGIQGK KVKKEGDLEV WAGPLSKKRV AVILWNRGSA SANITARWAE IGLNSSDIVN ARDLWEHSTY SCVKKQLSAL VEPHACKMYT LTRRKA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)