AT5G04130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA GYRASE B2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DNA GYRASE B2 (GYRB2); FUNCTIONS IN: DNA topoisomerase activity, DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity, DNA binding, ATP binding; INVOLVED IN: DNA topological change, DNA metabolic process; LOCATED IN: mitochondrion; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA topoisomerase, type IIA, conserved site (InterPro:IPR018522), DNA topoisomerase, type IIA, subunit B (InterPro:IPR000565), DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 (InterPro:IPR013506), ATPase-like, ATP-binding domain (InterPro:IPR003594), DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal (InterPro:IPR002288), DNA topoisomerase, type IIA, subunit B/N-terminal, alpha-beta (InterPro:IPR013759), DNA topoisomerase, type IIA, subunit B/N-terminal (InterPro:IPR001241), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568), Toprim domain (InterPro:IPR006171), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup (InterPro:IPR014721), DNA topoisomerase, type IIA, central (InterPro:IPR013760); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNA GYRASE B1 (TAIR:AT3G10270.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:1122084..1128031 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 81057.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 732 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALLQRASYL RLYYLRLMGS RPRLFSSSLS PALHRHSSTL SSPPFSSPSP SFRLKFQLTS VLSQRLIQRN AISSRFLSTE ASQETTTSKG YSSEQIQVLE 101: GLDPVRKRPG MYIGSTGSRG LHHLVYEILD NAIDEAQAGY ASKVDVVLHA DGSVSVVDNG RGIPTDLHPA TKKSSLETVL TVLHAGGKFG GTSSGYSVSG 201: GLHGVGLSVV NALSEALEVS VWRDGMEHKQ NYSRGKPITT LTCRVLPLES KGTKGTSIRF WPDKEVFTTA IEFDHNTIAG RIRELAFLNP KVTISLKKED 301: DDPEKTQYSE YSFAGGLTEY VSWLNTDKNP IHDVLGFRRE INGATVDVAL QWCSDAYSDT MLGYANSIRT IDGGTHIEGV KASLTRTLNT LAKKSKTVKE 401: KDISLSGEHV REGLTCIVSV KVPNPEFEGQ TKTRLGNPEV RKIVDQSVQE YLTEFLELHP DILESIISKS LNAYKAALAA KRARELVRSK SVLKSSSLPG 501: KLADCSSTDP EVSEIFIVEG DSAGGSAKQG RDRRFQAILP LRGKILNIER KDEAAMYKNE EIQNLILGLG LGVKGEDFKK ENLRYHKIII LTDADVDGAH 601: IRTLLLTFFF RYQRALFDAG CIYVGVPPLF KVERGKNAQY CYDDADLKKI TSNFPANASY NIQRFKGLGE MMPEQLWETT MNPETRILKQ LVVDDIAEAN 701: MTFSSLMGAR VDVRKELIKN AATRINLQRL DI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)