AT4G39970.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Haloacid dehalogenase-like hydrolase (InterPro:IPR005834), HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3 (InterPro:IPR006402); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein (TAIR:AT3G48420.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:18536678..18538429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34657.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 316 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVSCNHSAI LFSPSSTAGS SSVTSSSSLI GFPRFQTLRF KSRSVYSKSR VSSPVSALPL RSLEALIFDC DGVILESENL HRQAYNDAFS HFDVRCPPSS 101: SESLDWSLEF YDKFQNLVGG GKPKMRWYFK ENGWPTSTIF DSPPQNDDDR AKLIDTLQDW KTERYKEIIK SGSVEPRPGV IRLMDEAKAA GKKLAVCSAA 201: TKSSVILCLE NLIDIERFQG LDCFLAGDDV KEKKPDPSIY ITAAEKLGVS VKDCLVVEDS VIGLQAATKA GMSCVITYTS STSDQNFNDA IAVYPDLSNV 301: KLKDLETLLQ TIVTAA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)