AT4G36390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Methylthiotransferase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Methylthiotransferase; FUNCTIONS IN: 4 iron, 4 sulfur cluster binding, iron-sulfur cluster binding, transferase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: RNA modification, tRNA modification; LOCATED IN: chloroplast, cytoplasm; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Methylthiotransferase (InterPro:IPR005839), tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB (InterPro:IPR006463), Methylthiotransferase, conserved site (InterPro:IPR020612), Elongator protein 3/MiaB/NifB (InterPro:IPR006638), Methylthiotransferase, N-terminal (InterPro:IPR013848), Radical SAM (InterPro:IPR007197), Deoxyribonuclease/rho motif-related TRAM (InterPro:IPR002792); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Methylthiotransferase (TAIR:AT1G72090.1); Has 15610 Blast hits to 15591 proteins in 2425 species: Archae - 356; Bacteria - 9631; Metazoa - 288; Fungi - 1; Plants - 108; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5226 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:17194746..17197054 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71725.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 640 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSSLSSLS SILSNPHGCS LCFKASTQRC FALRFLSSKA THASSSSSSA LLPRCRSSTH RLTQKPINRK KGFSLNLSRS FSISQIASSG KFDGPSLHQF 101: VSNAQAHASL TTPETESEST LDSDIASKGR IYHETYGCQM NINDMEIVLA IMKNSGYKEV VTDPESAEVI FVNTCAIREN AEQRVWQRLN YFWFLKREWK 201: VNAATGRAKS LKPPKVVVLG CMAERLKDKI LDSDKMVDVV CGPDAYRDLP RLLEEVDYGQ KGINTLLSLE ETYADISPVR ISENSITAFV SVMRGCNNMC 301: AFCIVPFTRG RERSRPVESI IREVGELWES GVKEVTLLGQ NVNSYNDDSA DRESGANWEY SEGFSSRCKV KNMGLRFADL LDRLSVEFPE MRFRFTSPHP 401: KDYPDELLYL MRDRHNICNL IHLPAQSGNS RILEQMRRGY TREAYLDLVK KIRSIIPDVA ITSDFITGFC GETEEEHQET LSLVRAVGYD MAYMFAYSMR 501: EKTHAHRNYT DDVPEEVKQR RLTELIDAFR ETTGPCYDSQ VGSTQLVLVE GPNKRAPETE LIGKTDKGHR VSFVTKPLFD KACLLDGDDL KRNPGIGDFV 601: EVQIEKSTRA SLFGEALAIS KMSLFHDVGV VDAVVASCAS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)