AT4G28610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphate starvation response 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Similar to phosphate starvation response gene from Chlamydomonas. Weakly responsive to phosphate starvation. Acts upstream of PHO2 in phosphate signaling. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phosphate starvation response 1 (PHR1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: myb-like HTH transcriptional regulator family protein (TAIR:AT2G20400.1); Has 1692 Blast hits to 1675 proteins in 68 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 3; Fungi - 2; Plants - 1663; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 22 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:14133164..14134951 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45548.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 409 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEARPVHRSG SRDLTRTSSI PSTQKPSPVE DSFMRSDNNS QLMSRPLGQT YHLLSSSNGG AVGHICSSSS SGFATNLHYS TMVSHEKQQH YTGSSSNNAV 101: QTPSNNDSAW CHDSLPGGFL DFHETNPAIQ NNCQIEDGGI AAAFDDIQKR SDWHEWADHL ITDDDPLMST NWNDLLLETN SNSDSKDQKT LQIPQPQIVQ 201: QQPSPSVELR PVSTTSSNSN NGTGKARMRW TPELHEAFVE AVNSLGGSER ATPKGVLKIM KVEGLTIYHV KSHLQKYRTA RYRPEPSETG SPERKLTPLE 301: HITSLDLKGG IGITEALRLQ MEVQKQLHEQ LEIQRNLQLR IEEQGKYLQM MFEKQNSGLT KGTASTSDSA AKSEQEDKKT ADSKEVPEEE TRKCEELESP 401: QPKRPKIDN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)