AT4G23560.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : glycosyl hydrolase 9B15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
glycosyl hydrolase 9B15 (GH9B15); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, catalytic activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Six-hairpin glycosidase (InterPro:IPR012341), Glycoside hydrolase, family 9, active site (InterPro:IPR018221), Six-hairpin glycosidase-like (InterPro:IPR008928), Glycoside hydrolase, family 9 (InterPro:IPR001701); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glycosyl hydrolase 9B14 (TAIR:AT4G09740.1); Has 1874 Blast hits to 1863 proteins in 270 species: Archae - 2; Bacteria - 707; Metazoa - 184; Fungi - 17; Plants - 921; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 43 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12293633..12295788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 52452.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 6.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 479 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKLLVLMLV GMFLAFESLE ALEYGDALNK SILFFEGQRS GKLPTNQRVK WRADSALSDG SLANVNLIGG YYDAGDNVKF VWPMSFTTTL LSWAAIEYQN 101: EISSVNQLGY LRSTIKWGTD FILRAHTSPN MLYTQVGDGN SDHSCWERPE DMDTSRTLYS ISSSSPGSEA AGEAAAALAA ASLVFKSVDS TYSSTLLNHA 201: KTLFEFADKY RGSYQASCPF YCSYSGYQDE LLWAAAWLYK ATGDKIYINY VISNKDWSQA VNEFSWDNKF VGAQALLVSE FYNGANDLAK FKSDVESFVC 301: AMMPGSSSQQ IKPTPGGLLF IRDSSNLQYV TTATTVLFHY SKTLTKAGVG SIQCGSTKFT VSQIRNFAKS QVDYILGNNP MKMSYMVGFG TKYPTQPHHR 401: GSSLPSIQSK PEKIDCNGGY SYYNSDTPNP NVHIGAIVGG PNSSDQYSDK KSDYSHAEPT TYINAAFIGP VAALISSSG |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)