AT4G22810.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Predicted AT-hook DNA-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Predicted AT-hook DNA-binding family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF296 (InterPro:IPR005175), Predicted AT-hook DNA-binding (InterPro:IPR014476); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Predicted AT-hook DNA-binding family protein (TAIR:AT4G12050.1); Has 813 Blast hits to 808 proteins in 45 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 32; Fungi - 2; Plants - 764; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 7 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:11984432..11985406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34341.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 324 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDPVQSHGSQ SSLPPPFHAR DFQLHLQQQQ QEFFLHHHQQ QRNQTDGDQQ GGSGGNRQIK MDREETSDNI DNIANNSGSE GKDIDIHGGS GEGGGGSGGD 101: HQMTRRPRGR PAGSKNKPKP PIIITRDSAN ALRTHVMEIG DGCDLVESVA TFARRRQRGV CVMSGTGNVT NVTIRQPGSH PSPGSVVSLH GRFEILSLSG 201: SFLPPPAPPT ATGLSVYLAG GQGQVVGGSV VGPLLCAGPV VVMAASFSNA AYERLPLEED EMQTPVHGGG GGGSLESPPM MGQQLQHQQQ AMSGHQGLPP 301: NLLGSVQLQQ QHDQSYWSTG RPPY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)