AT4G12050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Predicted AT-hook DNA-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Predicted AT-hook DNA-binding family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF296 (InterPro:IPR005175), Predicted AT-hook DNA-binding (InterPro:IPR014476); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Predicted AT-hook DNA-binding family protein (TAIR:AT4G22810.1); Has 6654 Blast hits to 4300 proteins in 274 species: Archae - 0; Bacteria - 187; Metazoa - 2435; Fungi - 660; Plants - 926; Viruses - 16; Other Eukaryotes - 2430 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:7220139..7221158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35787.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 339 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDPVQSHGSQ SSLPPPFHAR DFQLHLQQQQ QHQQQHQQQQ QQQFFLHHHQ QPQRNLDQDH EQQGGSILNR SIKMDREETS DNMDNIANTN SGSEGKEMSL 101: HGGEGGSGGG GSGEQMTRRP RGRPAGSKNK PKAPIIITRD SANALRTHVM EIGDGCDIVD CMATFARRRQ RGVCVMSGTG SVTNVTIRQP GSPPGSVVSL 201: HGRFEILSLS GSFLPPPAPP AATGLSVYLA GGQGQVVGGS VVGPLLCSGP VVVMAASFSN AAYERLPLEE DEMQTPVQGG GGGGGGGGGM GSPPMMGQQQ 301: AMAAMAAAQG LPPNLLGSVQ LPPPQQNDQQ YWSTGRPPY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)