AT4G21350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plant U-box 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a U-box/ARM repeat protein required fore self-incompatibility. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
plant U-box 8 (PUB8); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, binding, zinc ion binding; INVOLVED IN: protein ubiquitination; LOCATED IN: ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), U box domain (InterPro:IPR003613), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Armadillo (InterPro:IPR000225), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plant U-box 13 (TAIR:AT3G46510.1); Has 3561 Blast hits to 3109 proteins in 223 species: Archae - 0; Bacteria - 18; Metazoa - 344; Fungi - 298; Plants - 2564; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 334 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:11356143..11357267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40877.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 374 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAFDLPNDFR CPISLEIMSD PVILQSGHTF DRVSIQQWID SGNRTCPITK LPLSETPYLI PNHALRSLIL NFAHVSLKES SRPRTQQEHS HSQSQALIST 101: LVSQSSSNAS KLESLTRLVR LTKRDSSIRR KVTESGAVRA ALDCVDSCNQ VLQEKSLSLL LNLSLEDDNK VGLVADGVIR RIVTVLRVGS PDCKAIAATL 201: LTSLAVVEVN KATIGSYPDA ISALVSLLRV GNDRERKESA TALYALCSFP DNRKRVVDCG SVPILVEAAD SGLERAVEVL GLLVKCRGGR EEMSKVSGFV 301: EVLVNVLRNG NLKGIQYSLF ILNCLCCCSG EIVDEVKREG VVEICFGFED NESEKIRRNA TILVHTLLGI PMSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)