AT4G14342.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 (InterPro:IPR009846), Splicing factor 3B, subunit 5 (InterPro:IPR017089); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 (TAIR:AT3G23325.1); Has 333 Blast hits to 333 proteins in 170 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 121; Fungi - 97; Plants - 62; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 53 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr4:-:8253789..8255405 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 10161.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 5.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 87 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MQASDRFNIN SQLEHLQAKY VGTGHADLSR FEWAVNIQRD SYASYIGHYP MLSYFAIAEN ESIGRERYNF MQKMLLPCGL PPEREEE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)