AT3G61420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : BSD domain (BTF2-like transcription factors, Synapse-associated proteins and DOS2-like proteins) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
BSD domain (BTF2-like transcription factors, Synapse-associated proteins and DOS2-like proteins); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Kelch related (InterPro:IPR013089), BSD (InterPro:IPR005607); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: BSD domain (BTF2-like transcription factors, Synapse-associated proteins and DOS2-like proteins) (TAIR:AT1G55750.1); Has 378 Blast hits to 374 proteins in 164 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 158; Fungi - 125; Plants - 65; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 30 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22727235..22731760 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66389.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 579 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKRVKYKSF VKDPGTLGSL ELSEVMLLFV PNDPKSDLKL KVQTHNIKSQ KYTKEGSNKP PWLNLTSKQG RSHIFEFENY PDMHACRDFI TKALAKCEEE 101: PNKLVVLTPA EQLSMAEFEL RFKLLRENSE LQKLHKQFVE SKVLTEDEFW STRKKLLGKD SIRKSKQQMG LKSMMVSGIK PSTDGRTNRV TFNLTSEIIF 201: QIFAEKPAVR QAFINYVPKK MTEKDFWTKY FRAEYLYSTK NTAVAAAEAA EDEELAVFLK PDEILAQEAR QKMRRVDPTL DMDADEGDDY THLMDHGIQR 301: DGTNDIIEPQ NDQLKRSLLQ DLNRHAAVVL EGRCINVQSE DTRIVAEALT RAKQVSKADG EITKDANQER LERMSRATEM EDLQAPQNFP LAPLSIKDPR 401: DYFESQQGNI LSEPRGAKAS KRNVHEAYGL LKESILVIRM TGLSDPLIKP EVSFEVFSSL TRTISTAKNI LGKNPQESFL DRLPKSTKDE VIHHWTSIQE 501: LVRHFWSSYP ITTTYLSTKV GKLKDAMSNT YSLLDAMKQS VQSDLRHQVS LLVRPMQQAL DAAFQHYESD LQRRTAKIT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)