AT3G57080.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Eukaryotic rpb5 RNA polymerase subunit family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Non-catalytic subunit unique to Nuclear DNA-dependent RNA polymerase V; homologous to budding yeast RPB5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NRPE5; FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity, DNA binding; INVOLVED IN: transcription; LOCATED IN: DNA-directed RNA polymerase V complex; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA polymerase, Rpb5, N-terminal (InterPro:IPR005571), RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal (InterPro:IPR000783), DNA-directed RNA polymerase, RPB5 subunit (InterPro:IPR014381); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA polymerase II fifth largest subunit, D (TAIR:AT2G41340.1); Has 910 Blast hits to 910 proteins in 323 species: Archae - 199; Bacteria - 0; Metazoa - 157; Fungi - 216; Plants - 117; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 216 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:21125878..21127470 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25587.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 222 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEVKGKETAS VLCLSKYVDL SSEESHRYYL ARRNGLQMLR DRGYEVSDED INLSLHDFRT VYGERPDVDR LRISALHRSD STKKVKIVFF GTSMVKVNAI 101: RSVVADILSQ ETITGLILVL QNHVTNQALK AIELFSFKVE IFQITDLLVN ITKHSLKPQH QVLNDEEKTT LLKKFSIEEK QLPRISKKDA IVRYYGLEKG 201: QVVKVNYRGE LTESHVAFRC VW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)