AT3G51860.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:vacuole 0.963 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description (TAIR10) | protein_coding : cation exchanger 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
cation exchanger 3 (CAX3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sodium/calcium exchanger membrane region (InterPro:IPR004837), Calcium/proton exchanger superfamily (InterPro:IPR004798), Calcium/proton exchanger (InterPro:IPR004713); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cation exchanger 1 (TAIR:AT2G38170.1); Has 3567 Blast hits to 3405 proteins in 1022 species: Archae - 24; Bacteria - 2167; Metazoa - 14; Fungi - 725; Plants - 252; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 385 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19239458..19242519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 49854.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 5.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | 0.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 459 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSIVEPWAA IAENGNANVT AKGSSRELRH GRTAHNMSSS SLRKKSDLRL VQKVPCKTLK NILSNLQEVI LGTKLTLLFL AIPLAILANS YNYGRPLIFG 101: LSLIGLTPLA ERVSFLTEQL AFYTGPTVGG LLNATCGNAT ELIIAILALA NNKVAVVKYS LLGSILSNLL LVLGTSLFFG GIANIRREQR FDRKQADVNF 201: FLLLMGLLCH LLPLLLKYAA TGEVSTSMIN KMSLTLSRTS SIVMLIAYIA YLIFQLWTHR QLFEAQQDDD DAYDDEVSVE ETPVIGFWSG FAWLVGMTIV 301: IALLSEYVVD TIEDASDSWG LSVSFISIIL LPIVGNAAEH AGAIIFAFKN KLDISLGVAL GSATQISLFV VPLSVIVAWI LGIKMDLNFN ILETSSLALA 401: IIITAFTLQD GTSHYMKGLV LLLCYVIIAA CFFVDQIPQP NDLDVGLQPM NNLGEVFSA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
|
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)