AT3G49870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.988 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ADP-ribosylation factor-like A1C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
A member of ARF-like GTPase family. A thaliana has 21 members, in two subfamilies, ARF and ARF-like (ARL) GTPases. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ADP-ribosylation factor-like A1C (ARLA1C); FUNCTIONS IN: GTP binding; LOCATED IN: nucleus, plasma membrane, vacuole, cytoplasm; EXPRESSED IN: male gametophyte, cultured cell, callus, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), ARF/SAR superfamily (InterPro:IPR006689); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ADP-ribosylation factor-like A1D (TAIR:AT5G67560.1); Has 19452 Blast hits to 19446 proteins in 945 species: Archae - 22; Bacteria - 898; Metazoa - 8888; Fungi - 2713; Plants - 2635; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 4293 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:18492674..18494021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20404.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 184 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGLLEAFLNW LRSLFFKQEM ELSLIGLQNA GKTSLVNVVA TGGYSEDMIP TVGFNMRKVT KGNVTIKLWD LGGQPRFRSM WERYCRAVSA IVYVVDAADP 101: DNLSVSKSEL HDLLSKTSLN GIPLLVLGNK IDKPGALSKE ALTDEMGLTS LTDREVCCFM ISCKNSTNID QVIDWLVKHS KSKN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)