AT3G47690.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : microtubule end binding protein EB1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a homolog of animal microtubule-end-binding protein. There are two other members of this family. EB1 forms foci at regions where the minus ends of microtubules are gathered during mitosis and early cytokinesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
microtubule end binding protein EB1A (EB1A); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Calponin-homology (InterPro:IPR016146), Calponin-like actin-binding (InterPro:IPR001715), EB1, C-terminal (InterPro:IPR004953); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: end binding protein 1B (TAIR:AT5G62500.1); Has 937 Blast hits to 898 proteins in 221 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 534; Fungi - 142; Plants - 110; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 151 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:17581353..17583346 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31081.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 276 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATNIGMMDS AYFVGRNEIL TWINDRLHLN LSRVEEAASG AVQCQMLDMT FPGVVPMHKV NFDAKNEYDM IQNYKVLQDV FNKLKITKPL EINRLVKGRP 101: LDNLEFLQWL KRFCDSINGG IMNENYNPVE RRSRNGKERS VKGSNKIPKS LQTNNNHPPP NSSSVGLSKA SGPKSAKAAE VQALSKELVD LKISTDLLEK 201: ERDFYFSKLR DVEILCQTPE LDDLPIVVAV KKILYATDAN ESALEDAQEY LNQSLGVEDD EAEGNGEQLE EEKTQA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)