AT3G46580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : methyl-CPG-binding domain protein 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Protein containing a putative methyl-CpG-binding domain.Has sequence similarity to human MBD proteins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
methyl-CPG-binding domain protein 5 (MBD5); FUNCTIONS IN: methyl-CpG binding, DNA binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: perinucleolar chromocenter; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding, integrase-type (InterPro:IPR016177), Methyl-CpG DNA binding (InterPro:IPR001739); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: methyl-CPG-binding domain 6 (TAIR:AT5G59380.1); Has 120 Blast hits to 118 proteins in 32 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 64; Fungi - 4; Plants - 49; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:17148397..17149328 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20558.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 182 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNGTDQAQP PPENPATPVD SKSRKRATPG DDNWLPPDWR TEIRVRTSGT KAGTVDKFYY EPITGRKFRS KNEVLYYLEH GTPKKKSVKT AENGDSHSEH 101: SEGRGSARRQ TKSNKKVTEP PPKPLNFDFL NVPEKVTWTG INGSEEAWLP FIGDYKIQES VSQDWDRVFT LVTSQNAGKT MF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)