AT3G28007.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Nodulin MtN3 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Nodulin MtN3 family protein; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: MtN3/saliva-related transmembrane protein, conserved region (InterPro:IPR018169), RAG1-activating protein 1 homologue (InterPro:IPR018179), RAG1-activating protein-1-related (InterPro:IPR004316); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nodulin MtN3 family protein (TAIR:AT5G62850.1); Has 966 Blast hits to 937 proteins in 119 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 194; Fungi - 0; Plants - 641; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 125 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:10408243..10409633 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27816.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 251 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVNATVARNI AGICGNVISL FLFLSPIPTF ITIYKKKKVE EYKADPYLAT VLNCALWVFY GLPMVQPDSL LVITINGTGL AIELVYLAIF FFFSPTSRKV 101: KVGLWLIGEM VFVGIVATCT LLLFHTHNQR SSFVGIFCVI FVSLMYIAPL TIMSKVIKTK SVKYMPFSLS LANFLNGVVW VIYALIKFDL FILIGNGLGT 201: VSGAVQLILY ACYYKTTPKD DEDEEDEENL SKVNSQLQLS GNSGQAKRVS A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)