AT3G27400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pectin lyase-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pectin lyase-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: pectate lyase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), AmbAllergen (InterPro:IPR018082), Pectate lyase/Amb allergen (InterPro:IPR002022), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pectin lyase-like superfamily protein (TAIR:AT5G63180.1); Has 1638 Blast hits to 1629 proteins in 272 species: Archae - 0; Bacteria - 741; Metazoa - 0; Fungi - 189; Plants - 699; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:10140323..10143023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45987.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 412 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSYSNNHFA YAFLLLLTIG NTLAFSSSLP DHVQDPNLVV DDVNRSVFNA SRRSLAYLSC RTGNPIDDCW RCDPNWETNR QRLADCAIGF GKNAIGGRKG 101: RIYVVTDPAN DDPVNPRPGT LRYAVTQEEP LWIIFKRDMV IRLKKELIIT SFKTIDGRGS SVHITDGPCL KIHYATNIII HGINIHDCKP GSGGMIKDGP 201: HHTGWWMQSD GDAVAIFGGK HVWIDHCSLS NCDDGLIDAI HGSTAITISN NHMTHHDKVM LLGHSDSYTQ DKNMQVTIAF NHFGEGLVQR MPRCRHGYFH 301: VVNNDYTHWE MYAIGGSASP TIYSQGNRFL APNTRFNKEV TKHEDAPESK WRDWNWRSEG DMLLNGAYFR ESGAEAPSTY ARASSLSARP SSLVGSITTT 401: AGTLSCRRGR RC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)