AT3G13040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : myb-like HTH transcriptional regulator family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
myb-like HTH transcriptional regulator family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphate starvation response 1 (TAIR:AT4G28610.1); Has 2193 Blast hits to 2140 proteins in 145 species: Archae - 2; Bacteria - 18; Metazoa - 253; Fungi - 37; Plants - 1676; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 207 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4172415..4174456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50114.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 449 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYIKAIMNRH RLLSAATDEC NKKLGQACSS SLSPVHNFLN VQPEHRKTPF IRSQSPDSPG QLWPKNSSQS TFSRSSTFCT NLYLSSSSTS ETQKHLGNSL 101: PFLPDPSSYT HSASGVESAR SPSIFTEDLG NQCDGGNSGS LLKDFLNLSG DACSDGDFHD FGCSNDSYCL SDQMELQFLS DELELAITDR AETPRLDEIY 201: ETPLASNPVT RLSPSQSCVP GAMSVDVVSS HPSPGSAANQ KSRMRWTPEL HESFVKAVIK LEGPEKATPK AVKKLMNVEG LTIYHVKSHL QKYRLAKYMP 301: EKKEEKRTDN SEEKKLALSK SEADEKKKGA IQLTEALRMQ MEVQKQLHEQ LEVQRVLQLR IEEHAKYLEK MLEEQRKTGR WISSSSQTVL SPSDDSIPDS 401: QNMSKTKASS PQPPLPAENK ASETEDDKCE SPQKRRRLEN IAESEDPKR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)