AT3G12700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Eukaryotic aspartyl protease family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Eukaryotic aspartyl protease family protein; FUNCTIONS IN: aspartic-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase aspartic (InterPro:IPR021109), Peptidase aspartic, catalytic (InterPro:IPR009007), Peptidase A1 (InterPro:IPR001461), Peptidase aspartic, active site (InterPro:IPR001969); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Eukaryotic aspartyl protease family protein (TAIR:AT3G25700.1); Has 3537 Blast hits to 3526 proteins in 338 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 933; Fungi - 442; Plants - 1963; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 199 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:4037136..4039043 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50570.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 461 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYINTLFWKQ NPTGDKKNQE EKMQKTLLSC LITTLLLITV ADSMKDTSVR LKLAHRDTLL PKPLSRIEDV IGADQKRHSL ISRKRNSTVG VKMDLGSGID 101: YGTAQYFTEI RVGTPAKKFR VVVDTGSELT WVNCRYRARG KDNRRVFRAD ESKSFKTVGC LTQTCKVDLM NLFSLTTCPT PSTPCSYDYR YADGSAAQGV 201: FAKETITVGL TNGRMARLPG HLIGCSSSFT GQSFQGADGV LGLAFSDFSF TSTATSLYGA KFSYCLVDHL SNKNVSNYLI FGSSRSTKTA FRRTTPLDLT 301: RIPPFYAINV IGISLGYDML DIPSQVWDAT SGGGTILDSG TSLTLLADAA YKQVVTGLAR YLVELKRVKP EGVPIEYCFS FTSGFNVSKL PQLTFHLKGG 401: ARFEPHRKSY LVDAAPGVKC LGFVSAGTPA TNVIGNIMQQ NYLWEFDLMA STLSFAPSAC T |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)