AT3G12500.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : basic chitinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a basic chitinase involved in ethylene/jasmonic acid mediated signalling pathway during systemic acquired resistance based on expression analyses. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
basic chitinase (HCHIB); FUNCTIONS IN: chitinase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, defense response to fungus, jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance, ethylene mediated signaling pathway; LOCATED IN: plasma membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.06 six leaves visible, LP.04 four leaves visible, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chitin-binding, type 1, conserved site (InterPro:IPR018371), Glycoside hydrolase, family 19 (InterPro:IPR016283), Chitin-binding, type 1 (InterPro:IPR001002), Glycoside hydrolase, family 19, catalytic (InterPro:IPR000726); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Chitinase family protein (TAIR:AT4G01700.1); Has 2944 Blast hits to 2653 proteins in 549 species: Archae - 0; Bacteria - 615; Metazoa - 38; Fungi - 228; Plants - 1922; Viruses - 10; Other Eukaryotes - 131 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3962501..3963984 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36185.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 335 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPPQKENHRT LNKMKTNLFL FLIFSLLLSL SSAEQCGRQA GGALCPNGLC CSEFGWCGNT EPYCKQPGCQ SQCTPGGTPP GPTGDLSGII SSSQFDDMLK 101: HRNDAACPAR GFYTYNAFIT AAKSFPGFGT TGDTATRKKE VAAFFGQTSH ETTGGWATAP DGPYSWGYCF KQEQNPASDY CEPSATWPCA SGKRYYGRGP 201: MQLSWNYNYG LCGRAIGVDL LNNPDLVAND AVIAFKAAIW FWMTAQPPKP SCHAVIAGQW QPSDADRAAG RLPGYGVITN IINGGLECGR GQDGRVADRI 301: GFYQRYCNIF GVNPGGNLDC YNQRSFVNGL LEAAI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)