AT3G07940.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Calcium-dependent ARF-type GTPase activating protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Calcium-dependent ARF-type GTPase activating protein family; FUNCTIONS IN: ARF GTPase activator activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: regulation of ARF GTPase activity; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Arf GTPase activating protein (InterPro:IPR001164), C2 membrane targeting protein (InterPro:IPR018029), C2 calcium/lipid-binding domain, CaLB (InterPro:IPR008973), C2 calcium-dependent membrane targeting (InterPro:IPR000008); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Calcium-dependent ARF-type GTPase activating protein family (TAIR:AT4G21160.4); Has 9376 Blast hits to 8361 proteins in 305 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 5295; Fungi - 1386; Plants - 1701; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 994 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:2529542..2531368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42914.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 385 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLGQENVDP VEVSGSHACL YELLCSETPK WTPLRVEDLQ TSSSDPRDRL EKLLKQPGNK YCADCGSPEP KWVSLSLGVF ICIKCSGVHR SLGVHISKVL 101: SVKLDEWTDD QVDMLVGYGG NTAVNERFEA CNIDQSKKPK PDSTNEERND FIRKKYEQHQ FMDPKDGALC TYQQPSRTNT SPPSLCSASH RSTKNRIGHA 201: FRNSWGRRES DHKGPKKSNS MAGMVEFVGL IKVNVVKGTN LAVRDVMTSD PYVILALGQQ SVKTRVIKNN LNPVWNETLM LSIPEPMPPL KVLVYDKDTF 301: STDDFMGEAE IDIQPLVSAA KAYETSSIKE PMQLGSWVAS KENTLVSDGI ILLEDGKVKQ DISLRLQNVE RGVLEIQLEC LPLTQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)