AT3G05030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : sodium hydrogen exchanger 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Sodium proton exchanger family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
sodium hydrogen exchanger 2 (NHX2); FUNCTIONS IN: sodium:hydrogen antiporter activity, sodium ion transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: cation transport, sodium ion transport, regulation of pH, transmembrane transport; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Na+/H+ exchanger, subfamily (InterPro:IPR004709), Cation/H+ exchanger, conserved region (InterPro:IPR018422), Cation/H+ exchanger (InterPro:IPR006153), Na+/H+ exchanger, isoforms 1-4, conserved region (InterPro:IPR018407); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Na+/H+ exchanger 1 (TAIR:AT5G27150.1); Has 5612 Blast hits to 5606 proteins in 1611 species: Archae - 51; Bacteria - 3727; Metazoa - 852; Fungi - 131; Plants - 439; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 412 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1393456..1396784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60526.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 546 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTMFASLTSK MLSVSTSDHA SVVSLNLFVA LLCACIVIGH LLEENRWMNE SITALLIGLG TGVVILLISR GKNSHLLVFS EDLFFIYLLP PIIFNAGFQV 101: KKKQFFRNFV TIMAFGAIGT VVSCTIISLG AIQFFKKLDI GTFDLGDFLA IGAIFAATDS VCTLQVLNQD ETPLLYSLVF GEGVVNDATS VVLFNAIQSF 201: DLTHLNHEAA FQFLGNFFYL FLLSTGLGVA TGLISAYVIK KLYFGRHSTD REVALMMLMA YLSYMLAELF ALSGILTVFF CGIVMSHYTW HNVTESSRIT 301: TKHAFATLSF LAETFIFLYV GMDALDIEKW RFVSDSPGTS VAVSSILMGL VMLGRAAFVF PLSFLSNLAK KHQSEKISIK QQVVIWWAGL MRGAVSMALA 401: YNKFTRSGHT ELRGNAIMIT STITVCLFST MVFGMLTKPL IRYLMPHQKA TTSTTSMLSD DSTPKSIHIP LLDGEQLDSF ELPGSHQDVP RPNSLRGFLM 501: RPTRTVHYYW RQFDDAFMRP VFGGRGFVPF VPGSPTERSS HDLSKP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)