AT2G47260.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : WRKY DNA-binding protein 23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of WRKY Transcription Factor; Group I. Involved in nematode feeding site establishment. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
WRKY DNA-binding protein 23 (WRKY23); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding WRKY (InterPro:IPR003657), Transcription factor, WRKY group IIc (InterPro:IPR017396); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: WRKY family transcription factor (TAIR:AT3G62340.1); Has 3541 Blast hits to 3088 proteins in 202 species: Archae - 0; Bacteria - 3; Metazoa - 11; Fungi - 7; Plants - 3503; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 17 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:19405045..19406446 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37686.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 337 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEFTDFSKTS FYYPSSQSVW DFGDLAAAER HSLGFMELLS SQQHQDFATV SPHSFLLQTS QPQTQTQPSA KLSSSIIQAP PSEQLVTSKV ESLCSDHLLI 101: NPPATPNSSS ISSASSEALN EEKPKTEDNE EEGGEDQQEK SHTKKQLKAK KNNQKRQREA RVAFMTKSEV DHLEDGYRWR KYGQKAVKNS PFPRSYYRCT 201: TASCNVKKRV ERSFRDPSTV VTTYEGQHTH ISPLTSRPIS TGGFFGSSGA ASSLGNGCFG FPIDGSTLIS PQFQQLVQYH HQQQQQELMS CFGGVNEYLN 301: SHANEYGDDN RVKKSRVLVK DNGLLQDVVP SHMLKEE |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)