AT2G43130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a protein belonging to the Rab/Ypt family of small GTPases, which are implicated in intracellular vesicular traffic. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ARA4; FUNCTIONS IN: GTP binding, GTPase activity; INVOLVED IN: response to heat, inter-Golgi cisterna vesicle-mediated transport; LOCATED IN: trans-Golgi network, Golgi stack, plasma membrane, Golgi-associated vesicle; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ran GTPase (InterPro:IPR002041), Ras (InterPro:IPR013753), Rab11-related (InterPro:IPR015595), Ras small GTPase, Ras type (InterPro:IPR003577), Small GTPase, Rho type (InterPro:IPR003578), Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579), Small GTPase (InterPro:IPR020851); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAB GTPase homolog A5D (TAIR:AT2G31680.1); Has 26465 Blast hits to 26427 proteins in 733 species: Archae - 21; Bacteria - 130; Metazoa - 13921; Fungi - 3601; Plants - 3013; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 5759 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:17929899..17930904 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23982.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 214 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSDDDERGEE YLFKIVIIGD SAVGKSNLLT RYARNEFNPN SKATIGVEFQ TQSMLIDGKE VKAQIWDTAG QERFRAVTSA YYRGAVGALV VYDITRSSTF 101: ENVGRWLDEL NTHSDTTVAK MLIGNKCDLE SIRAVSVEEG KSLAESEGLF FMETSALDST NVKTAFEMVI REIYSNISRK QLNSDSYKEE LTVNRVSLVK 201: NENEGTKTFS CCSR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)