AT2G40650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PRP38 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
PRP38 family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PRP38 (InterPro:IPR005037); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SART-1 family (TAIR:AT5G16780.1); Has 71927 Blast hits to 24591 proteins in 1125 species: Archae - 74; Bacteria - 21911; Metazoa - 26638; Fungi - 6334; Plants - 3978; Viruses - 317; Other Eukaryotes - 12675 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16963588..16965596 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43174.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 355 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANRTDPLAK NIRGTNPQNL VEKIVRTKIY QHTFWKEQCF GLTAETLVDK AMELDHLGGT FGGSRKPTPF LCLILKMLQI QPEKEIVVEF IKNDDYKYVR 101: ILGAFYLRLT GTDVDVYRYL EPLYNDYRKV RQKLSDGKFS LTHVDEVIEE LLTKDYSCDI AMPRLKKRWT LEQNGLLEPR KSVLEDDFEE EEEKEENEGI 201: ADGSEDEMDQ RRKSPERERE RDRDRRRDSH RHRDRDYDRD YDMDRDHDRD YERERGHGRD RDRERDRDHY RERDRDRERG RDRERDRRDR ARRRSRSRSR 301: DRKRHETDDV RDREEPKKKK EKKEKMKEDG TDHPNPEIAE MNRLRASLGM KPLRD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)