AT2G40340.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Integrase-type DNA-binding superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the DREB subfamily A-2 of ERF/AP2 transcription factor family. The protein contains one AP2 domain. There are eight members in this subfamily including DREB2A AND DREB2B that are involved in response to drought. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DREB2C; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding, integrase-type (InterPro:IPR016177), Pathogenesis-related transcriptional factor/ERF, DNA-binding (InterPro:IPR001471); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Integrase-type DNA-binding superfamily protein (TAIR:AT2G40350.1); Has 5601 Blast hits to 5564 proteins in 248 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 5583; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 14 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16848665..16850357 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37831.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 341 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPSEIVDRKR KSRGTRDVAE ILRQWREYNE QIEAESCIDG GGPKSIRKPP PKGSRKGCMK GKGGPENGIC DYRGVRQRRW GKWVAEIREP DGGARLWLGT 101: FSSSYEAALA YDEAAKAIYG QSARLNLPEI TNRSSSTAAT ATVSGSVTAF SDESEVCARE DTNASSGFGQ VKLEDCSDEY VLLDSSQCIK EELKGKEEVR 201: EEHNLAVGFG IGQDSKRETL DAWLMGNGNE QEPLEFGVDE TFDINELLGI LNDNNVSGQE TMQYQVDRHP NFSYQTQFPN SNLLGSLNPM EIAQPGVDYG 301: CPYVQPSDME NYGIDLDHRR FNDLDIQDLD FGGDKDVHGS T |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)