AT2G30440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : thylakoid processing peptide | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a thylakoidal processing peptidase that removes signal sequences from proteins synthesized in the cytoplasm and transported into the thylakoid lumen. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
thylakoid processing peptide (TPP); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S24/S26A/S26B/S26C, beta-ribbon domain (InterPro:IPR011056), Peptidase S24/S26A/S26B/S26C (InterPro:IPR015927), Peptidase S26A, signal peptidase I, conserved site (InterPro:IPR019758), Peptidase S26, conserved region (InterPro:IPR019533), Peptidase S26A, signal peptidase I (InterPro:IPR000223), Peptidase S26A, signal peptidase I, serine active site (InterPro:IPR019756); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Peptidase S24/S26A/S26B/S26C family protein (TAIR:AT1G06870.1); Has 9797 Blast hits to 9593 proteins in 2427 species: Archae - 0; Bacteria - 7318; Metazoa - 215; Fungi - 115; Plants - 235; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1914 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:12973244..12975027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37855.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 340 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIRITFTYS THVARNLVGT RVGPGGYCFE SLVRPRFFSH KRDFDRSPRN RPASMYGSIA RELIGEGSQS PLVMGLISIL KSTTGHESST MNVLGVSSFK 101: ASSIIPFLQG SKWIKNPPVI DDVDKGGTVC DDDDDKESRN GGSGWVNKLL SVCSEDAKAA FTAVTVSILF RSALAEPKSI PSTSMYPTLD KGDRVMAEKV 201: SYFFRKPEVS DIVIFKAPPI LLEYPEYGYS SNDVFIKRIV ASEGDWVEVR DGKLFVNDIV QEEDFVLEPM SYEMEPMFVP KGYVFVLGDN RNKSFDSHNW 301: GPLPIENIVG RSVFRYWPPS KVSDTIYHDQ AITRGPVAVS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)