AT2G27860.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes UDP-d-apiose/UDP-d-xylose synthase that requires NAD+ for enzymatic activity and is strongly inhibited by UDP-d-galacturonate. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 1 (AXS1); FUNCTIONS IN: NAD or NADH binding, UDP-glucuronate decarboxylase activity; INVOLVED IN: nucleotide-sugar biosynthetic process; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, seed development stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 2 (TAIR:AT1G08200.1); Has 19662 Blast hits to 19651 proteins in 2697 species: Archae - 540; Bacteria - 12327; Metazoa - 255; Fungi - 84; Plants - 1208; Viruses - 17; Other Eukaryotes - 5231 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11864684..11866843 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43640.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 389 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANGANRVDL DGKPIQPLTI CMIGAGGFIG SHLCEKLLTE TPHKVLALDV YNDKIKHLLE PDTVEWSGRI QFHRINIKHD SRLEGLVKMA DLIINLAAIC 101: TPADYNTRPL DTIYSNFIDA LPVVKYCSEN NKRLIHFSTC EVYGKTIGSF LPKDHPLRDD PAFYVLKEDI SPCIFGSIEK QRWSYACAKQ LIERLVYAEG 201: AENGLEFTIV RPFNWIGPRM DFIPGIDGPS EGVPRVLACF SNNLLRREPL KLVDGGESQR TFVYINDAIE AVLLMIENPE RANGHIFNVG NPNNEVTVRQ 301: LAEMMTEVYA KVSGEGAIES PTVDVSSKEF YGEGYDDSDK RIPDMTIINR QLGWNPKTSL WDLLESTLTY QHRTYAEAVK KATSKPVAS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)