AT2G20840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Secretory carrier membrane protein (SCAMP) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Secretory carrier membrane protein (SCAMP) family protein; FUNCTIONS IN: transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: protein transport; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SCAMP (InterPro:IPR007273); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Secretory carrier membrane protein (SCAMP) family protein (TAIR:AT1G03550.1); Has 686 Blast hits to 684 proteins in 104 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 376; Fungi - 14; Plants - 230; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 66 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:8971925..8974400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31965.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 282 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRYQSHSFD DGEINPFANP TSVPAATSKL SPLPPEPYDR GATMDIPLDS GKDLKAKEKE LREKEAELKR REQEIKRKED AIAQAGIVIE EKNWPPFFPL 101: IHHDISNEIP IHLQRIQYVA FTSMLGLVVC LLWNIVAVTT AWIKGEGPTI WFLAIIYFIS GVPGAYVMWY RPLYRAMRTD SALKFGWFFF TYLFHIAFCV 201: FAAVAPPIIF KGKSLTGILP AIDVLSGNIL VGIFYFIGFG FFCLESLVSI WVIQQVYMYF RGSGKAAEMK QEATRRAMMA AL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)