AT1G79410.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : organic cation/carnitine transporter5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
organic cation/carnitine transporter5 (5-Oct); FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major facilitator superfamily (InterPro:IPR020846), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: organic cation/carnitine transporter 6 (TAIR:AT1G16370.1); Has 11548 Blast hits to 11506 proteins in 1434 species: Archae - 261; Bacteria - 5062; Metazoa - 3508; Fungi - 1334; Plants - 912; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 471 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29868037..29869584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57154.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 515 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADSLAPLLP THIEEDEDTS SPLTFDKILE KSLSDFGFSQ FLQIVLVGLA LTFDSQQIFI TVFTDAYPTW HCLDHTICNP ATTDICKIPR SAWDWDGGFK 101: GKSVISEFDL ECSSSFLRSL PSSTFYVGSI VGGVVLAMIP DGSLGRKQLL FFSSFAMSLT GISIFLSSNI WIYSFLKFVI GFARSQTGTY ALVLISERIS 201: TKWRPRATMV PFTLFVLGFM SLSGIAYLVR HASWKVLYLC TSIPAGIHSI FIYFFALESP RWLHLEGKNK EAIEVLKRIS PANRGYLESV SSRLRPKETL 301: EQTSSYSIKD LFIIKWAFRR VTLVMIIMFG LGMSYYGVPL AVRDIKVNIY MSEALNAMVE LPTFVVTPIL LEQFSRRSSV LVNCLIGGAS GVLCFVMSLY 401: GRTKIAFALE LGSFFCARIG FNLMAIYLVE LFPTCVRNSA TMMLRQALVV GGACCPLIAS LGRNVPSLSF AVFGFAMSGL GLFALLLPET KGLSLCDTME 501: EQEQRDQALK TSHSC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)