AT1G62380.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : ACC oxidase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein similar to 1-aminocyclopropane-1-carboxylic oxidase (ACC oxidase). Expression of the AtACO2 transcripts is affected by ethylene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ACC oxidase 2 (ACO2); FUNCTIONS IN: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase activity, copper ion binding; INVOLVED IN: response to salt stress, detection of ethylene stimulus, ethylene biosynthetic process; LOCATED IN: cell wall, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein (TAIR:AT1G12010.1); Has 8564 Blast hits to 8520 proteins in 992 species: Archae - 0; Bacteria - 1100; Metazoa - 104; Fungi - 1037; Plants - 4951; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1372 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:23082340..23084068 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36185.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 320 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKNMKFPVV DLSKLNGEER DQTMALINEA CENWGFFEIV NHGLPHDLMD KIEKMTKDHY KTCQEQKFND MLKSKGLDNL ETEVEDVDWE STFYVRHLPQ 101: SNLNDISDVS DEYRTAMKDF GKRLENLAED LLDLLCENLG LEKGYLKKVF HGTKGPTFGT KVSNYPPCPK PEMIKGLRAH TDAGGIILLF QDDKVSGLQL 201: LKDGDWIDVP PLNHSIVINL GDQLEVITNG KYKSVLHRVV TQQEGNRMSV ASFYNPGSDA EISPATSLVE KDSEYPSFVF DDYMKLYAGV KFQPKEPRFA 301: AMKNASAVTE LNPTAAVETF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)