AT1G56550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.336 golgi 0.269 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RhamnoGalacturonan specific Xylosyltransferase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a rhamnogalacturonan II specific xylosyltransferase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RhamnoGalacturonan specific Xylosyltransferase 1 (RXGT1); FUNCTIONS IN: UDP-xylosyltransferase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: rosette leaf, fruit distal end, cauline leaf, fruit proximal end, socket cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Reticulon (InterPro:IPR003388), Nucleotide-diphospho-sugar transferase, predicted (InterPro:IPR005069); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nucleotide-diphospho-sugar transferase family protein (TAIR:AT4G01220.1); Has 348 Blast hits to 344 proteins in 31 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 314; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 32 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:21185836..21188070 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43912.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 383 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQQSQRPIS NRHISLLNRN GLILLLLLAL FVILGVFLPL TKSSLFMFPN TTSSSLSPSS SLSVSDWRDY SLAQAVKFVA KNETVIVCAV SYPFLPFLNN 101: WLISISRQKH QEKVLVIAED YATLYKVNEK WPGHAVLIPP ALDPQSAHKF GSQGFFNLTS RRPQHLLNIL ELGYNVMYND VDMVWLQDPF DYLQGSYDAY 201: FMDDMIAIKP LNHSHDLPPL SRSGVTYVCS CMIFLRSTDG GKLLMKTWVE EIQAQPWNNT QAKKPHDQPA FNRALHKTAN QVKVYLLPQS AFPSGGLYFR 301: NETWVNETRG KHVIVHNNYI IGYDKKMKRF QDFSLWLVDD HALESPLGKL EIYQEQNTTT EGKNLTKIVR KQRKNRGKKH KLP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)