AT1G54780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : thylakoid lumen 18.3 kDa protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a thylakoid lumen protein regulating photosystem II repair cycle. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TLP18.3; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: photosystem II repair; LOCATED IN: thylakoid, thylakoid lumen, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast thylakoid lumen, chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF477 (InterPro:IPR007621); Has 209 Blast hits to 209 proteins in 92 species: Archae - 0; Bacteria - 130; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 49; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 28 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20439533..20440953 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31140.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 285 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: METLLSPRAL SPPLNPKPLS LHQTKPTSHS LSLSKPTTFS GPKHLSTRFT KPESRNWLID AKQGLAALAL SLTLTFSPVG TALASEFNIL NDGPPKETYV 101: VDDAGVLSRV TKSDLKKLLS DLEYRKKLRL NFITVRKLTS KADAFEYADQ VLEKWYPSIE EGNNKGIVVL ITSQKEGAIT GGPAFIEAVG ENILDATVSE 201: NLPVLATDEK YNEAVYSSAK RLVAAIDGQP DPGGPTVKDS KRESNFKTKE ETDEKRGQFS LVVGGLLVIA FVVPMAQYFA YVSRK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)