AT1G54140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TATA binding protein associated factor 21kDa subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative TATA binding protein associated factor 21kDa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TATA binding protein associated factor 21kDa subunit (TAFII21); FUNCTIONS IN: transcription initiation factor activity, DNA binding; INVOLVED IN: transcription initiation; LOCATED IN: transcription factor TFIID complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor TAFII-31 (InterPro:IPR003162), Histone-fold (InterPro:IPR009072); Has 434 Blast hits to 434 proteins in 170 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 206; Fungi - 130; Plants - 53; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 43 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:20214076..20214869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20598.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 183 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGEGEEDVP RDAKIVKSLL KSMGVEDYEP RVIHQFLELW YRYVVEVLTD AQVYSEHASK PNIDCDDVKL AIQSKVNFSF SQPPPREVLL ELAASRNKIP 101: LPKSIAGPGV PLPPEQDTLL SPNYQLVIPK KSVSTEPEET EDDEEMTDPG QSSQEQQQQQ QQTSDLPSQT PQRVSFPLSR RPK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)