AT1G43245.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SET domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SET domain-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SET domain (InterPro:IPR001214); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:16308982..16310883 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61930.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 558 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEIRAAEDIE IRTDLFPPLS PLASSLYDSF LSSHCSSCFS LLPPSPPQPL YCSAACSLTD SFTNSPQFPP EITPILPSDI RTSLHLLNST AVDTSSSPHR 101: LNNLLTNHHL LMADPSISVA IHHAANFIAT VIRSNRKNTE LEEAAICAVL TNAVEVHDSN GLALGIALYN SSFSWINHSC SPNSCYRFVN NRTSYHDVHV 201: TNTETSSNLE LQEQVCGTSL NSGNGNGPKL IVRSIKRIKS GEEITVSYID LLQPTGLRQS DLWSKYRFMC NCGRCAASPP AYVDSILEGV LTLESEKTTV 301: GHFDGSTNKD EAVGKMNDYI QEAIDDFLSD NIDPKTCCEM IESVLHHGIQ FKEDSQPHCL RLHACHYVAL NAYITLATAY RIRSIDSETG IVCDMSRISA 401: AYSLFLAGVS HHLFCAERSF AISAAKFWKN AGELLFDLAP KLLMELSVES DVKCTKCLML ETSNSHRDIK EKSRQILSCV RDISQVTWSF LTRGCPYLEK 501: FRSPVDFSLT RTNGEREESS KDQTVNVLLL SSHCLLYADL LTDLCYGQKS HLVSRFRL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)