AT1G31600.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.600 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein; FUNCTIONS IN: nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein (TAIR:AT4G02485.1); Has 662 Blast hits to 662 proteins in 169 species: Archae - 0; Bacteria - 66; Metazoa - 255; Fungi - 80; Plants - 148; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 110 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:11313376..11315199 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48395.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 431 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGWPWADHWT MVLNGLGQIF RPLSIKDQPL EPMKKMFQVD MTIGLWTAQL TLLTQVNVIV FFIEHIGEDT SPLYDRRKLQ SFIPRMVQPR FVRPTQSSPS 101: SISGEPNSSN LYVANCGPAV GLTHNAIAAV FAEFGEVNGV YAADDSGVRV IVSFADPFSA KAALEALSGR PCPDLKGRSL HIRYSVLQLP SETQVNDCVP 201: VSLIDSELNI PGLFLLPDFV TVAEEQQLLA AVDARHWIGL AKRRVQHYGY EFCYGTRNVD TKKRLGELPS FVSPILERIY LFPNFDNGSA SLNLDQLTVN 301: EYPSGVGLSP HIDTHSAFED CIFSLSLAGP CIMEFRRYSV STWKASTTDA EKSGDSSCIK KALYLPPRSM LLLSGEARYA WNHYIPHHKI DKVKDKVIRR 401: SSRRVSFTLR KVRNHPCSCK YPQYCDSQQQ M |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)