AT1G27350.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosome associated membrane protein RAMP4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Ribosome associated membrane protein RAMP4; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosome associated membrane RAMP4 (InterPro:IPR010580); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosome associated membrane protein RAMP4 (TAIR:AT1G27330.1); Has 348 Blast hits to 348 proteins in 106 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 210; Fungi - 0; Plants - 100; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 38 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:9498319..9499303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 7523.38 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 68 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MTTSKRLADR KIEKFDKNIL KRGFVPETTT KKGKDYPVGP ILLGFFVFVV IGSSLFQIIR TATSGGMA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)