AT1G26450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Carbohydrate-binding X8 domain superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Carbohydrate-binding X8 domain superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: X8 (InterPro:IPR012946); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plasmodesmata callose-binding protein 3 (TAIR:AT1G18650.1); Has 11073 Blast hits to 3511 proteins in 410 species: Archae - 18; Bacteria - 672; Metazoa - 2248; Fungi - 1003; Plants - 1218; Viruses - 195; Other Eukaryotes - 5719 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:9149003..9150063 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20040.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 197 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVLLPLFLL SFMFTYSNAA VCVCKDANEL DLQKVIDFAC GGGADCAQIQ TTGACYQPNT LKNHCDVAVN SYYQKKASTG ATCDFNGAAV ISTSPPSTTS 101: SCLSSSSSNG TPTAGYPSTG NSTTASPGTT NPSTGNSTNS TLPTNDKPTS STITFPDSTT MGPSSSTSGD PNGGEELSVR TTTIILLTTI AAVALRV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)