AT1G18330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeodomain-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
EARLY-PHYTOCHROME-RESPONSIVE1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EARLY-PHYTOCHROME-RESPONSIVE1 (EPR1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeodomain-like superfamily protein (TAIR:AT3G10113.1); Has 1461 Blast hits to 1443 proteins in 140 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 102; Fungi - 30; Plants - 1113; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 216 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:6306196..6307640 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38352.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 346 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAEDRSEEL SSNVENGSCN SNEGINPETS SHWIENVVKV RKPYTVTKQR EKWSEEEHDR FLEAIKLYGR GWRQIQEHIG TKTAVQIRSH AQKFFSKMAQ 101: EADSRSEGSV KAIVIPPPRP KRKPAHPYPR KSPVPYTQSP PPNLSAMEKG TKSPTSVLSS FGSEDQVNRC SSPNSCTSDI QSIGATSIDK KNNYTTSKQP 201: FKDDSDIGST PISSITLFGK IVLVAEESHK PSSYNDDDLK QMTCQENHYS GMLVDTNLSL GVWETFCTGS NAFGSVTEAS ENLEKSAEPI SSSWKRLSSL 301: EKQGSCNPVN ASGFRPYKRC LSEREVTSSL TLVASDEKKS QRARIC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)