AT1G17745.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : D-3-phosphoglycerate dehydrogenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a 3-Phosphoglycerate dehydrogenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
3-phosphoglycerate dehydrogenase (PGDH); FUNCTIONS IN: phosphoglycerate dehydrogenase activity, protein binding; INVOLVED IN: L-serine biosynthetic process; LOCATED IN: cytosol, nucleus, chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase (InterPro:IPR006236), D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain (InterPro:IPR006139), D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding (InterPro:IPR006140), D-3-phosphogylcerate Dehydrogenase (InterPro:IPR015508), Amino acid-binding ACT (InterPro:IPR002912), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase (TAIR:AT4G34200.1); Has 30450 Blast hits to 30444 proteins in 2726 species: Archae - 473; Bacteria - 18179; Metazoa - 739; Fungi - 1175; Plants - 595; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 9284 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:6101157..6104979 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66457.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 624 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAFSSSCSSV KAVNSRWTSP SPSPSSRFAV LPAFLHRRYA TSVKLTAISA ALKTVEQTTL TEDNRFSTVG SDSDEYNPTL PKPRILVTEK LGEAGVNLLR 101: EFGDVDCSYD LSPEDLKKKV AESDALIVRS GTKVTREVFE AAKGRLKVVG RAGVGIDNVD LQAATEHGCL VVNAPTANTV AAAEHGIALL ASMARNVAQA 201: DASIKAGKWE RSKYVGVSLV GKTLAVMGFG KVGTEVARRA KGLGMTVISH DPYAPADRAR ALGVDLVSFD QAISTADFVS LHMPLTPATK KVFNDETFSK 301: MKKGVRLINV ARGGVIDEDA LVRALDAGIV AQAALDVFCE EPPSKDSRLI QHENVTVTPH LGASTKEAQE GVAIEIAEAV AGALKGELSA TAVNAPMVAP 401: EVLSELTPYI VLAEKLGRLA VQLASGGKGV QSIRVVYRSA RDRDDLDTRL LRAMITKGII EPISDSYVNL VNADFIAKQK GLRISEERMV VDSSPEYPVD 501: SIQVQILNVE SNFAGAVSDA GDISIEGKVK YGVPHLTCVG SFGVDVSLEG NLILCRQVDQ PGMIGQVGNI LGEQNVNVNF MSVGRTVLRK QAIMAIGVDE 601: EPDNKTLERI GGVSAIEEFV FLKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)